Plusieurs modèles sont en cours d'élaboration dans le cadre du programme. Certains sont ancrés dans le traitement de données, d’autres explorent des hypothèses sur les transitions en jeu à partir de simulations. Chacun de ces modèles est initialement associé à une transition, mais explore des mécanismes qui peuvent éclairer d’autres transitions.

• Les modèles HUME (transitions 1 et 2)

• Modèle Territorialité et conflits chez les Pueblos (transition 3)

• Concentration de l'habitat à l'Âge du Fer et MetaCIV (transition 5)

• Romanisation et théorie des jeux (transition 6)

• Fixation et polarisation de l'habitat en Europe du Nord-Ouest entre 800 et 1100 : une modélisation multi-agent (transition 8)
  

• Modèles de coévolution transports/urbanisation (transition 9)

Des modèles pédagogiques ont aussi été créés à l'occasion de la rédaction de l'ouvrage collectif, et sont utilisables en ligne directement.